Die SJE Ecohydraulic Engineering GmbH ist ein Spin-Off des Lehrstuhls für Wasserbau und Wassermengenwirtschaft des Instituts für Wasser- und Umweltsystemmodellierung (IWS) der Universität Stuttgart. Das Unternehmen bietet seit 2001 Ingenieurleistungen in den Bereichen Gewässerhydraulik, Gewässerökologie, Flussbau und Wasserkraft an und ist auf die Anwendung und Entwicklung von Modellwerkzeugen spezialisiert. Ein Hauptbereich der Dienstleistungen liegt in der Entwicklung und Bewertung von Maßnahmen zur Verringerung der ökologischen Auswirkungen menschlicher Nutzungen der Gewässer - unter anderem der Wasserkraft. Dabei werden sowohl Strömungscharakteristika und strukturelle Eigenschaften der Gewässer, als auch die bestmögliche Nutzung der erneuerbaren Wasserkraft berücksichtigt. Ein Schwerpunkt liegt dabei auf dem Modellsystem CASiMiR mit dem der Einfluss von wasserwirtschaftlichen Maßnahmen, insbesondere der Wasserkraftnutzung, untersucht werden kann. SJE kooperiert mit zahlreichen wissenschaftlichen Institutionen wie der Universität Stuttgart, der Technischen Universität München, der EAWAG in Zürich (CH), der Universität für Bodenkultur Wien (A), dem Forschungsinstitut für Natur und Forste in Brüssel (B), der Universität Lissabon (POR), der Universität Trento (IT), der Universität Lyon (F) oder der Universität Valencia (E) und setzt Forschungs- und Entwicklungsarbeiten in praktische Ingenieurarbeiten um.

Die Wasserkraft hat zusammen mit Windkraft, Photovoltaik und Biomasse angesichts der Energiewende zu regenerativen Erzeugungsarten an Bedeutung gewonnen. Andererseits verursachen Wasserkraftanlagen Veränderungen im Gewässerökosystem, die allerdings durch geeignete Maßnahmen und Betriebweisen minimiert werden können. SJE bietet Leistungen im Zusammenhang mit der umweltverträglichen Gestaltung und dem Management von Wasserkraftanlagen an. Dabei spielen nicht nur die baulichen Aspekte eine Rolle, sondern auch die lokalen hydraulischen und gewässermorphologischen Verhältnisse, sowie ein darauf abgestimmter Anlagenbetrieb.

Mit der Software CASiMiR-Hydropower kann die Energieerzeugung in Wasserkraftanlagen anhand von hydrologischen und technischen Kenndaten ermittelt und die Auswirkungen von betrieblichen Änderungen untersucht werden.

In der Hydraulik, der Lehre vom Strömungsverhalten der Flüssigkeiten, kommen seit langem numerische Modelle zum Einsatz. Die Möglichkeiten dieser Modelle wurden in den letzten Jahren deutlich umfangreicher. Wassertiefen, Fließgeschwindigkeiten, aber auch Strömungskräfte und Schubspannungen, können inzwischen auch für heterogene Gewässer mit i.d.R. hoher Genauigkeit berechnet werden. SJE verwendet verschiedene 1D-, 2D-, und 3D-HN-Modelle (Hydrodynamisch Numerische Modelle), um stationäre (zeitlich stabile) und instationäre (zeitlich veränderliche) hydraulische Verhältnisse in Gewässern zu ermitteln.

Die Ökohydraulik beschäftigt sich mit den Auswirkungen von Strömungsverhältnissen auf die Funktionen von angebundenen Ökosystemen. SJE beschäftigt sich vor allem mit ökohydraulischen Untersuchungen in Fließgewässern. Dabei kommen selbst entwickelte numerische Modelle zum Einsatz, mit denen sich die Veränderungen der ökologischen Funktionen über das Angebot und die Qualität von Lebensräumen beurteilen lassen. Das Modellsystem CASiMiR bietet Möglichkeiten, Habitate im Freiwasserraum, an der Gewässersohle aber auch in den angebundenen Ufer- und Auezonen zu untersuchen. Dies geht weit über die Problematik von Mindestwasser und Abflussregelungen, einem der früheren Haupteinsatzbereiche von Habitatmodellierungen, hinaus. Besonders anhand von Fischhabitaten lässt sich der ökologische Zustand von Gewässern gut beurteilen. Das liegt daran, dass das Fließverhalten, die Gewässerstrukturen und die Vernetzung von Lebensräumen für viele Fischarten und deren Lebensstadien eine große Bedeutung haben.
Der Film "Fluss.Mensch.Zukunft.", der von Kristof Reuther und Lukas Kirchgäßner zusammen mit dem Fischereiverein "Die Bewirtschafter" produziert wurde, zeigt sehr anschaulich, wie sich durch den Menschen verursachte Veränderungen in unseren Flüssen und Bächen auf Fische auswirken, aber auch mit welchen Maßnahmen Verbesserungen möglich sind. Der Film ist im Rahmen eines Projekts der Hochschule Weihenstephan-Triesdorf entstanden und rechts anzusehen.